La implementación del Acuerdo de Cooperación Ambiental Chile-Canadá es coordinada por el Gobierno de Chile a través del Secretariado Nacional Chileno , el cual está radicado en la Comisión Nacional del Medio Ambiente ( CONAMA ), órgano dependiente del Ministerio Secretaría General de la Presidencia .

Desde la entrada en vigor del Acuerdo, los Secretariados Nacionales chileno y canadiense, han llevado a cabo una serie de actividades para su implementación. Entre ellas destacan:

• Establecimiento de los secretariados nacionales en ambos países y designación de sus Secretarios Ejecutivos .
• Elaboración y negociación de los reglamentos y códigos de conducta de los diferentes órganos de la Comisión.
• Elaboración y negociación de la Pautas Relativas a la Presentación de Peticiones en Materia de Aplicación Conforme a los Artículos 14 y 15.
• Organización de la Primera reunión del Consejo .
• Apoyo a la realización de la primera reunión del Comité Consultivo Público Conjunto
• Elaboración del Reporte Anual y del Programa de Trabajo y Presupuesto Anual de la Comisión .
• Establecimiento de los sitios WEB de los Secretariados en Chile y Canadá
• Proceso de revisión de la legislación ambiental chilena incorporada al Acuerdo.